DNA鑒定在打擊犯罪方面具有強大的功效，而且如能建立全民DNA檔案對于民事上親子血緣之確定亦有莫大助益，惟更多的憂慮系來自于將來DNA密碼被解開后，DNA序列所代表的個人最底層的隱私將暴露無遺，此時，如果個人的基因信息遭到濫用，將對個人造成極大傷害，因此，法律學家莫不對此提出海言，盼能有所緩和或制止①。如果從個人隱私權的保障出發，當DNA所鑒定的特定序列并不危害到個人的隱私時，也就是說，該DNA片段并不具有特定的生物功能或者不會顯露出個人任何的遺傳性征，僅是一段完全無意義的DNA序列，但是其卻具有高度的變異性，足以滿足刑事上人別鑒定或民事上
親子鑒定之需求，此時，用以鑒定的特定DNA序列在本質上是屬于中性地位，如同個人的身份證號碼般沒有特殊的生物學上意義，將其組合之后，僅代表某個人。經由科學家、醫學家及刑事鑒定專家等，共同認證提出具有上述特性的DNA片段，經由統計使其組合幾率遠超過臺灣地區目前人口數，則此一組 DNA鑒定系統，即足以因應人別鑒定個化上之需求，如此，或可減低對于 DNA建檔所可能帶來之疑慮，亦可平衡實務上犯罪偵查之公益要求。再 者，依現行條例DNA采樣必須保存樣本及紀錄至少10年，如從保障隱私權之觀點出發，紀錄之保存或尤有理由，但是樣本之保存則有待商榷。原因在于樣本所代表者正是DNA序列之全部，亦即個人全部之隱私，其未來被濫用之可能性將元限擴大。反之，紀錄僅是就鑒定當時所采用的DNA鑒定系統分析出來的數據資料，所代表的個人隱私有限，甚且完全處 于中性之地位，因此，依本書看法，紀錄應永久保存而樣本則應于采樣鑒定后即行銷毀9以確保個人隱私權。附帶一提的，就整個DNA鑒定在制度面上，程序性制衡機制應納入思考，亦即，采樣權限之發動似宜考慮比照羈押制度由法院決定發動與否，以符近來刑事強制處分權朝英美令狀
主義之發展趨勢。
