值得一提的是，依本條立法之原意在于透過DNA數據庫之比對，協助民事上親子血緣之搜尋，譬如失蹤兒童尋找生父生母或元名尸體之比對等，亦即，在沒有比對的特定對象下，透過主管機關建立之DNA數據庫之搜尋比對，來協助確認身份。而不是在己有特定的比對對象下，為了確認某兩個特定人間是否具有親子關系之情形。蓋前者之數據庫功能屬主管機關所獨占，因此，有必要明確立法規范賦予法律依據來使用數據庫之檔案，而后者只是一般技術層面之DNA采樣鑒定比對而已一并非主管機關所獨占之功能或技術。接諸目前民事法院有關親子關系爭訟案件，絕大部分的DNA
親子鑒定均由民間醫院進行，并未由專職刑案鑒定的刑事警察局負責①。是故，若依本條例第9條所規定之得請求自愿自費采樣，將使實際負責執行DNA建檔之機關，即內政部警政署刑事警察局，不得不依當事人之請求而進行DNA鑒定，如此，勢必使原本以刑案鑒定為主的鑒定單位，又因此多了民事上之案件，對于原本案件量已屬驚人的實驗室，無異于雪上加霜，對具有專職功能的實驗室而言，更無疑是一個沉重的負擔。所以，理想的情況應該是，第9條之規定為私法上案件對于DNA數據庫使用之法律依據，至于是否志愿自費接受采樣，則由當事人依其自由意思，自行至各大醫院接受DNA采樣分析即可②。如果進一步需要搜尋比對DNA數據庫時，依本條向主管機關申請比對即可。如此不僅可以達成立法目的之要求，更可將現行有限之資源專責應用于打擊犯罪之層面。因此，第9條第1項或可修正為為尋找或確定血緣關系之血親者，得將DNA紀錄交付主管機關請求協助比對DNA數據庫檔案。然而無可諱言的，依目前情況，DNA檔案數據庫并非為一中性的數據庫，而是專門儲存性犯罪或重大暴力犯罪之被告或犯罪嫌疑人DNA紀錄的數據庫，是故，如欲達成立法目的上所要求之程度，勢必等到將來有一天全民DNA檔案建立之后，方能發揮本數據庫在民事上搜尋生父、生母或失蹤兒童的功能，現階段恐難發揮其作用。
