SNPlex系統通過對片段化后的模板進行連接反應，將連接產物純化后用通用引物進行擴增，通過生物素與鏈霉親和素的共價結合錨定在雜交板上后，用檢測探針與錨定產物進行雜交，然后洗脫探針進行電泳分型檢測(Tobler et a1．，2005; De LaVega et al.,2005)。
寡核苷酸連接反應包括模板的活化和連接兩個部分，活化是指在特定條件下利用分子的熱碰撞原理使一定濃度、一定體積的模板DNA均勻分散為可使用的DNA片段，我們稱之為片段化過程。分散為片段的模板DNA在ATP存在的條件下，與環境中的連接子和探針結合在一起，稱為寡核苷酸連接反應。每個SNP位點的反應都會使用兩個通用的連接子和三條位點相關的探針——分別是兩條等位基因特異性寡棱苷酸探針和一條位點特異性寡核苷酸探針。對于一個SNP位點而言，在單鏈上僅是一個堿基的位置，在SNPlex系統中，位點之前的序列被設計成為等位基因特異性寡核苷酸探針ASO的一部分，而位點之后的序列被設計成為位點特異性寡核苷酸探針的一部分。等位基因特異性寡核苷酸探針ASO的另外一部分是具有標記性質的ZipCode序列，ZipCode序列可以和與之嚴格互補配對的ZipChute探針相結合。位點特異性寡核苷酸探針的另一部分由通用引物的反向互補序列構成。兩個連接子中，等位基因特異性寡核苷酸探針連接子由帶有通用引物的正向互補序列的部分和與ASO探針中ZipCode序列互補的部分，以及一個帶有特異性酶切位點的發夾結構共同組成；位點特異性寡核苷酸探針連接子僅由一個帶有特異性酶切位點的發夾結構和一段與通用引物的反向互補序列互補的部分構成。在特定條件下，探針會與模板互補結合，也會在ATP存在的條件下與其他部分連接在一起，形成一個半閉環結構。在特異性酶的作用下，單鏈DNA被水解，而具有保護性接頭的連接產物得以純化成為PCR反應的模板，并在含有單向生物素標記的通用引物作用下完成復合擴增。，將擴增產物加入固定右鏈霉親和素的雜交板進行第一次雜交反應后，將沒有雜交結合的產物洗脫，再加入與ZipCode序列嚴格互補配對的ZipChute探針進行第二次雜交，純化并收集ZipChute探針進行電泳檢測。
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